A csatornázottság folyamatosan nő Magyarországon. Míg 2002-ben a lakások mintegy 56 százaléka csatlakozott rá a csatornahálózatra, addig 2007-ben ez a szám megközelíti a 70 százalékot. Ez a program segíti elő az európai szennyvíz irányelvben előírtak hazai megvalósítását.

A szennyvíztisztító telepek fejlesztésének köszönhetően 2007-ben már 14 százalékkal több szennyvizet tisztítanak meg, mint 2002-ben. A biológiai szennyvíztisztítás eléri a 75 százalékot. A teljes program Magyarország legnagyobb infrastrukturális beruházása.

A VKKI közreműködik a nemzeti szennyvízprogram előkészítésével és megvalósításával összefüggő feladatok összehangolásában. Ennek keretében a szennyvízelvezetési agglomerációk lehatárolásával összefüggő önkormányzati kérelmek felülvizsgálata, a döntési javaslatok kialakítása, átsorolási, szétválási kérelmek kezelése, továbbá a KEOP pályázatokhoz "igazolás" adása történik.

Az EU tagállamaként előtérbe került a Települési Szennyvíz Információs Rendszer átalakításának, az úgynevezett TESZIR fejlesztésének a szükségessége. A 2005-ben elkezdett és több ütemben fejlesztett nyilvántartási rendszer karbantartásával, működtetésével összefüggő szakterületi feladatok szintén meghatározó jelentőségűek.