A Vízügyi és Környezetvédelmi Központi Igazgatóságot, rövidítve a VKKI-t, egy Módosító Alapító Okirattal hozta létre 2007-ben az akkor hivatalban lévő környezetvédelmi és vízügyi miniszter, dr. Persányi Miklós. A 2007. április elsején hatályba lépő Módosító Alapító Okirat a VKKI jogelődjének, a Vízügyi Központ és Közgyűjteményeknek átszervezésével, tevékenységi körének, valamint gazdálkodási rendjének módosításával alkotta meg intézményünket. Az Okirat olyan önálló jogi személyként és központi költségvetési szervként határozta meg a Vízügyi és Környezetvédelmi Központi Igazgatóságot, mely önállóan gazdálkodik, és melynek hatásköre kiterjed az egész országra.
A VKKI a környezetvédelmi és vízügyi miniszter irányítása alatt működik. 110 fős munkatársi gárdája a mérnöktől és a hidrológustól kezdve a közgazdászon és az informatikuson keresztül a levéltárosig és múzeológusig számos szakmát foglal magába - a szervezet működtetését biztosító funkcionális tevékenységek mellett.
